La primera estación de Atocha, discurría en perpendicular a lo que hoy en día es la Avenida Ciudad de Barcelona (antiguamente Pacífico). Se inauguró en 1851 llamándole "Embarcadero de Atocha" se hace realidad la segunda linea ferroviaria de España entre Madrid y Aranjuez posteriormente pasó a manos de una empresa llamada Madrid-Zaragoza-Alicante ,(M.Z.A) pues iba a construir dicho trazado ferroviario. Cuarenta y un años después se inaugura a poca distancia la Estación del Mediodía cuya nave central es hoy en día un jardín botánico. Quedando dicho embarcadero en desuso.